Mentre Clark conduce una vita da criminale a Metropolis sotto l’effetto della kryptonite rossa Lex, precipitato col suo jet privato, si sveglia sperduto, naufrago su un’isola deserta mentre Lionel ‘piange’ la sua morte ed organizza il suo funerale.
Nel frattempo Jonathan è disposto a tutto pur di riuscire a salvare il figlio dall’anello e dai suoi sensi di colpa, ma quanto gli costerà l’aver chiesto ed ottenuto i poteri necessari ad affrontare Clark riuscendo infine a riportarlo a casa?
Lionel intanto, salvato il figlio in stato confusionale da un’isola che ha portato a galla molti ricordi e fantasmi del passato con i quali ha dovuto combattere fino allo stremo organizza per Lex un’analisi psicologica completa con la Dr.ssa Claire Foster (Lorella Gale) che nel fumetto originale è la psichiatra buona di Superman.
Mentre asseconda il padre nelle sue strane premure, Lex, che non si capisce se sia realmente rimasto segnato da quest’esperienza o stia facendo di tutto per farlo credere, indaga sul possibile omicida che ha attentato alla sua vita: su chi deve indirizzare i suoi sospetti? Sul Lionel, o sulla donna della quale è innamorato, Helen?
Durante queste indagini scopre che Chloe è a conoscenza di qualcosa di losco e compromettente sul passato di Lionel e cerca di convincerla ad unire le loro forze, ma qualcuno cerca di ucciderlo (di nuovo!) e quasi in punto di morte riesce a chiamare Clark in suo aiuto. Giunto a casa di Lex, però, non trova nessuno, tutto sembra in ordine e il dubbio che l’amico continui ad avere delle allucinazioni post-trauma prende sempre più piede.
Lionel comunica a Clark di aver rinchiuso Lex in manicomio a causa di un crollo psicologico molto pesante e, senza far sapere niente a nessuno, dà disposizioni che al ragazzo venga praticato l’elettroshock per cancellare la sua memoria.
Nel frattempo Clark, vittima di una rapina e complice la pietra verde, perde temporaneamente la vista e si accorge di aver sviluppato il super-udito, mentre Jonathan inizia ad accusare le conseguenze del suo accordo con Jor-El: il suo corpo umano era troppo debole per sopportare il peso dei poteri che gli hanno permesso di salvare Clark e, colpito da un improvviso attacco di cuore, viene operato d’urgenza.
Clark, preoccupato per la salute di suo padre, decide di andare a parlare con Jor-El alla caverna ma quando arriva, viene sorpreso da Lionel che, iniziando a mettere insieme i pezzi del puzzle, si reca dal Dr. Swann e stringe un accordo con lui. A che gioco sta giocando Luthor? Tenta di uccidere il figlio? Vuole che si cancellino dei ricordi dalla sua memoria per proteggere Clark? Perché Lionel sembra conoscere il suo segreto?
Questa sarà l’ultima apparizione di Christopher Reeve, purtroppo deceduto alcuni mesi dopo.
Lex è senza ricordi, ma sa che c’è qualcosa riguardante Lionel che dovrebbe recuperare….. per questo decide di sottoporsi ad un programma sperimentale per cercare le informazioni perse e consegnare così suo padre all’FBI.
Clark intanto, pur di fermare Lana che vuole partire per Parigi, decide di raccontarle la verità per poter stare finalmente insieme senza segreti, ma un agente dell’FBI dal pessimo tempismo rapisce Pete torturandolo per cercare di estorcergli informazioni riguardo ai poteri dell’amico. Clark lo salva,ma questo episodio segnerà la fine delle apparizioni di Samuel Jones III nel cast fisso della serie che, segnato da questa avventura spiacevole, decide di partire con la sua famiglia abbandonando Smallville.
Nel frattempo Lana parte per Parigi cercando di lasciarsi alle spalle il sentimento che la lega a Clark e le continue bugie che sa di ricevere dal ragazzo; Lex invece riesce a far mettere in carcere suo padre aiutato dalle informazione raccolte da Chloe (che poi viene messa sotto protezione dall’FBI).
Clark conosce Kara (Adrianne Palicki), una bionda mozzafiato che dimostra di avere i suoi stessi poteri. Per la prima volta si sente compreso, condivide i suoi timori con qualcuno che riesce a capirlo e che sembra destare in lui un certo interesse… ma Kara si rivela essere sua cugina, la figlia del fratello ‘cattivo’ di Jor-El, venuta da Krypton per ricordargli quale sia il destino che deve compiere sulla Terra e per portarlo con sè nel loro pianeta nativo.
Clark non vuole abbandonare la sua famiglia, così Kara è costretta a giocarsi la sua ultima carta: rivelare a Clark il patto che Jonathan ha stretto con Jor-El: “Una vita per una vita…..”
Eccoci così giunti alla fine di questa contorta e nemmeno troppo coinvolgente terza serie: Clark parte con Kara per Krypton infuriato con Jor-El, mentre da qualche parte sul pianeta Terra, in un luogo sconosciuto, una ragazza bionda con tre agenti dell’FBI si accinge a varcare la porta di quella che sarà la sua nuova casa finchè le acque coi Luthor non si saranno calmate… ma all’improvviso ecco un’esplosione, e un fumo intenso è tutto ciò che resta di quella casa e di cio che era nel raggio di centinaia di metri da essa….
