Al termine della seconda stagione Michael è stato condotto al carcere di Sona e con lui Mahone e Bellick. Cosa nasconde quell'inquietante penitenziario? Quali sono gli interessi, presumibilmente scientifici, del misterioso "Padman"? Lincoln riuscirà a ricongiungersi con Sara? Sucre riuscirà a sopravvivere dopo la ferita infertagli da T-Bag? E quale il destino di Maricruz? T-Bag avrà modo di abbandonare il carcere in cui è stato rinchiuso?

La terza stagione è composta da soli 13 episodi a causa dello sciopero degli sceneggiatori che ha fermato o rallentato la produzione di moltissime serie televisive americane. Lo sviluppo delle vicende ha subito, ovviamente, delle modifiche a seguito di questo sciopero. E' stata trasmessa dalla metà di settembre 2007 sino a metà febbbraio 2008.

Per quanto riguarda la messa in onda italiana, è stata trasmessa su Italia1 a partire dal 27 giugno sino 29 agosto 2008 dapprima con un doppio episodio, poi ridotto a uno, in un orario piuttosto variabile ma sempre vicino e oltre la mezzanotte.

3.01 "Orientación - Uomo contro uomo"
3.02 "Fire/Water - Sete"
3.03 "Call Waiting - Chiamata in attesa"
3.04 "Good Fences - Terra di nessuno"
3.05 "Interference - Interferenza"
3.06 "Photo Finish - Photofinish"
3.07 "Vamonos - L'ora X"
3.08 "Bang and Burn - Fuoco e fiamme"
3.09 "Boxed In - Allo scoperto"
3.10 "Dirt Nap - Pioggia di polvere"
3.11 "Under And Out - Fuori in 30 secondi"
3.12 "Hell Or High Water - Ad un passo dalla fine"
3.13 "The Art Of The Deal - L'arte del trattare"