Tutti questi interrogativi trovano delle risposte già nei primissimi episodi della Season II che è partita negli USA sul canale Fox lunedì 21 agosto. Come lo scorso anno, la serie ha subito una doppia pausa: una, pari a tre settimane, nel mese di ottobre dovuta ai playoffs di baseball (l'interruzione è stata a cavallo degli episodi "Buried" e "Dead Fall" e una nei mesi di dicembre-gennaio. Gli episodi inediti sono tornati in onda a partire dal 22 gennaio 2007 per concludersi poi il 2 aprile. La Fox ha confermato la serie per una terza stagione le cui riprese inizieranno nel mese di luglio e che sarà trasmessa sul canale americano con tutta probabilità a partire da fine agosto-inizi settembre.
Per quanto riguarda la messa in onda italiana, è stata trasmessa su Italia1 a partire dal 14 settembre ogni venerdì alle ore 22:55 con un doppio episodio sino al 20 novembre 2007 (l'ultimo appuntamento è stato di martedì).
2.01 "Manhunt / Caccia all'uomo"
2.02 "Otis / Corsa contro il tempo"
2.03 "Scan / Inseguimento"
2.04 "First Down / La sfida continua"
2.05 "Map 1213 / In ordine sparso"
2.06 "Subdivision / Suddivisione"
2.07 "Buried / Fantasmi del passato"
2.08 "Dead Fall / Caduta mortale"
2.09 "Unearthed / Dissotterrato"
2.10 "Rendezvous / Minuti contati"
2.11 "Bolshoi Booze / Tortura"
2.12 "Disconnect / Senza contatti"
2.13 "The Killing Box / Chiusi in trappola"
2.14 "John Doe / Nessuna identità"
2.15 "The Message / Il messaggio"
2.16 "Chicago / Il volo della libertà"
2.17 "Bad Blood / Un caso di coscienza"
2.18 "Wash / La prova"
2.19 "Sweet Caroline / Grazia presidenziale"
2.20 "Panama / Appuntamento a Panama"
2.21 "Fin Del Camino / La resa dei conti"
2.22 "Sona / Corsi e ricorsi"
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